python之在自定义 python 函数中发现 TypeError : expected bytes, str

我正在使用一个名为 Giggle 的新生物信息学工具，并且在我的系统上安装了 python 包装器。 尽管场景很具体，但我认为这个问题很普遍。 这个函数:

index = Giggle.create("index", "HMEC_hg19_BroadHMM_ALL.bed") 

应该基于多个(或在本例中为一个).bed 文件创建索引。 床文件如下所示:

chr1    10000   10600   15_Repetitive/CNV   0   .   10000   10600   245,245,245 
chr1    10600   11137   13_Heterochrom/lo   0   .   10600   11137   245,245,245 
chr1    11137   11737   8_Insulator 0   .   11137   11737   10,190,254 
chr1    11737   11937   11_Weak_Txn 0   .   11737   11937   153,255,102 
chr1    11937   12137   7_Weak_Enhancer 0   .   11937   12137   255,252,4 
chr1    12137   14537   11_Weak_Txn 0   .   12137   14537   153,255,102 
chr1    14537   20337   10_Txn_Elongation   0   .   14537   20337   0,176,80 

它基本上是一个大的制表符分隔文件，包含基因组间隔及其相应的染色体。运行上述命令时出现以下错误:

Traceback (most recent call last): 
  File "<stdin>", line 1, in <module> 
  File "giggle/giggle.pyx", line 25, in giggle.giggle.Giggle.create 
TypeError: expected bytes, str found 

我不知道为什么会这样，我尝试将文件转换为其他类型的编码，但没有任何效果。错误所指的代码片段如下:

def create(self, char *path, char *glob): 
    giggle_bulk_insert(to_bytes(glob), to_bytes(path), 1) 
    return Giggle(path) 

我在 Windows 10 的 Linux 子系统上使用 Python 3.6。

请您参考如下方法:

问题是，在 python 3 中，字符串表示为 unicode 字符串，而不是字节字符串，就像在 python 2 中那样。当您安装 giggle 并使用 python 2 运行代码时，一切正常。但你可以这样做:

index = Giggle.create("index".encode('utf-8'), "HMEC_hg19_BroadHMM_ALL.bed".encode('utf-8')) 

或者

index = Giggle.create(b"index", b"HMEC_hg19_BroadHMM_ALL.bed") 

具有明确的字节串。它对我有用，直到傻笑提示 .bed 文件格式不正确(我可能在复制时弄乱了格式)

更新: 如上所述调用它时会出现另一个问题:

File type not supported 'HMEC_hg19_BroadHMM_ALL.bed'

这是由于底层libgiggle只接受.bed.gz文件造成的，可以在python-giggle/lib/giggle/src中看到/file_read.c:

if ( (strlen(i->file_name) > 7) && 
    strcmp(".bed.gz", file_name + strlen(i->file_name) - 7) == 0) { 
    i->type = BED; 
} 

所以我假设自述文件位于 python-giggle网站声称您可以使用 .bed 文件调用它是不正确的。

我用 python-giggle\lib\giggle\test\data 中提供的文件之一对其进行了测试，它运行没有错误