Python:使用 mpi4py 发送不连续数据

我有一个维度为 (N,M) 的 C 序矩阵

mat = np.random.randn(N, M) 

我想通过持久性 MPI 请求向另一个节点发送一个列。但是，使用 mpi4py，

sreq = MPI.COMM_WORLD.Send_Init((mat[:,idx], MPI.DOUBLE), send_id, tag) 

由于切片不连续而失败。有人可以建议解决这个问题的方法吗？我相信 C 中的 MPI_Type_vector 允许在创建类型时指定 stride。我如何使用 mpi4py 完成此操作？

请您参考如下方法:

创建一个发送缓冲区! 看这个例子:

  1 #!/usr/bin/python2 
  2 # -*- coding: utf-8 -*- 
  3 
  4 from mpi4py import MPI 
  5 import numpy as np 
  6 
  7 comm = MPI.COMM_WORLD 
  8 rank = comm.Get_rank() 
  9 
 10 matrix = np.empty((5, 10), dtype='f') 
 11 for y in xrange(len(matrix)): 
 12     for x in xrange(len(matrix[0])): 
 13         matrix[y,x] = rank * 10 + x * y 
 14 
 15 sendbuf = np.empty(5, dtype='f') 
 16 
 17 #column 1 
 18 sendbuf[:] = matrix[:,1] 
 19 
 20 result = comm.gather(sendbuf, root=0) 
 21 
 22 if rank == 0: 
 23     for res in result: 
 24         print res 

这会给你:

$ mpirun -np 4 column.py 
[ 0.  1.  2.  3.  4.] 
[ 10.  11.  12.  13.  14.] 
[ 20.  21.  22.  23.  24.] 
[ 30.  31.  32.  33.  34.]